Il riccio antropomorfo venuto da un altro mondo e dotato di incredibile velocità e altri poteri, si è ormai ben stabilito sulla Terra insieme alla coppia Tom e Maddie e ad altri due alieni: il rissoso Knuckles e la brillante Tails. Si scopre però che sul nostro pianeta si trova da molti anni un altro potente riccio, bloccato in uno stato di animazione sospesa, il suo nome è Shadow e qualcuno hackera il sistema che ne controlla il sonno e lo risveglia. Sonic e i suoi amici vengono inviati a ricatturarlo dall’organizzazione militare Gun, guidata dalla direttrice Rockwell, ma Shadow ha facilmente la meglio su di loro. Le cose si complicano quando entrano in scena i droni dell’arcinemico di Sonic, il redivivo dottor Robotnik. Quest’ultimo però si dice innocente e infatti è invece suo nonno ad aver ideato il terribile piano che Sonic e i suoi amici dovranno sventare…